A execução do desfragmentador de disco no modo de análise é a única maneira que conheço para ver quantos fragmentos da MFT você tem.
Se o volume estiver em uso 24 x 7, provavelmente você está "atrapalhando" os usuários. Se não, programe o comando "defrag -a -v C:" para executar fora do horário de atendimento com sua saída redirecionada para um arquivo. Isso fará com que você receba a saída do comando sem que você esteja acordado para executá-la às 4 da manhã de domingo. > sorriso <
Não posso fornecer estatísticas "NtfsDisableLastAccessUpdate", mas certamente as defini, a menos que você precise salvar o último horário de acesso. (Eu usaria o comando "fsutil behavior set disablelastaccess 1", em vez de defini-lo no registro. Você também precisa reinicializar para que a alteração entre em vigor.)
Você também pode considerar a possibilidade de desabilitar a criação do nome de arquivo 8dot3, caso não seja necessário. Faça isso, especialmente, se você tiver um grande número de arquivos em um único diretório. (Apesar de desligar isso não vai se livrar dos nomes 8dot3 que já estão lá ...)
Comparar a saída de "fsutil fsinfo statistics" no volume em questão antes / depois desse lento "rastreamento inicial" pode dizer algo sobre o que está acontecendo, embora eu ache que isso mostre apenas uma quantidade medonha de metadados leituras estão ocorrendo.
Você tem espaço suficiente na SAN para fazer uma restauração de todo o conteúdo do volume para um novo LUN configurado de forma semelhante (com relação às suas propriedades de SAN - nível de RAID, etc.) como o LUN de produção? Seria interessante ver como um sistema de arquivos NTFS recém-criado com a criação de nomes 8dot3 desativada desde o início, e talvez uma zona MFT de tamanhos diferentes, se comporta em comparação com a LUN de produção. (Também não seria muito difícil orquestrar uma migração por meio da cópia de arquivos alterados do LUN de produção para esse LUN de armazenamento temporário, se o LUN de teste provar funcionar melhor).