Eu configurei o /etc/security/limits.conf para que o root tenha um ulimit alto. No entanto, após reiniciar o sistema, alguns dos processos em execução como root ainda têm um limite de 1024. O limits.conf não se aplica a todos os aplicativos?
Os limites definidos em /etc/security/limits.conf aplicam-se apenas aos processos que passam pela pilha do PAM e têm o módulo pam_limits aplicado.
É provável que esses processos não passem pelo PAM.
Acho que você teria que descobrir de onde eles começaram e configurar manualmente o ulimit usando o comando ulimit .
No Redhat existe um script que pode configurar ulimits para coisas iniciadas via init.
man initscript para detalhes
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