Tente o ftplicity - um bom tutorial pode ser encontrado em HowToForge: link
Para responder às suas outras perguntas:
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faz sentido apenas fazer o backup da configuração do servidor (/ etc), seus dados de usuário (/ home, / usr / local, ...) e não o servidor inteiro. Uma restauração do ubuntu pode ser feita facilmente com o dpkg, veja "dpkg get-selections" em ubuntugeek.com/clone-your-ubuntu-installation.html
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Sim, os arquivos que estão sendo gravados darão a você problemas de backup (bancos de dados MySQL, spooldiles de correio, etc.). Por isso, é melhor dar uma olhada em todos os serviços que você precisa fazer backup e examinar sua documentação
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sem fazer backup de todo o servidor e da ajuda do tar, você deve conseguir armazenar vários conjuntos de backups no local do ftp
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a restauração deve ser simples: você terá um servidor virtual em funcionamento, certo? Use o dpkg set-selections para atualizar os pacotes, restaurar / etc, reinicializar (ou recarregar os serviços) e copiar sua data de usuário de volta