Você está correto - o FAT32 e suas limitações (relacionadas ao tamanho do arquivo e aos limites de caracteres) serão sua maior restrição.
Para referência (para ter as informações em um só lugar):
| TYPE | FILE SIZE | FILENAME | CHARACTER SET | DIRECTORY | VOLUME SIZE |
| FAT32 | ~4GB | 11/255(2)|ASCII/Unicode(2)| No (3) | 2TB (1) |
| NTFS | ~16 EiB(5)| 255 | Unicode(6) | No (4) | 16 EiB |
| EXT3 | 16GB/2TB | 255 | Unicode | No | 16GB/32TB(7)|
| HFS+ | ~8 EiB | 255 | Unicode | Unlimited | ~8 EiB |
| ZFS | 16 EiB | 255 | Unicode | Unlimited | 16 EiB |
- É possível chegar a 8 TB com clusters de tamanho de 64k.
- O próprio FAT32 suporta 11 nomes de arquivo de caractere (8.3) usando ASCII, com suporte ao nome de arquivo longo, ele é aumentado para 255 caracteres UTF-16. Caracteres ASCII Excluídos são:
" * / : < > ? \ |
- Embora não haja limite no número de subdiretórios, você tem um limite de caminho de 260 caracteres. (Este foi o limite no Windows 95/98 - é 4096 no Linux)
- Como o FAT32, não há limite em subdiretórios, mas você tem um limite de caminho de 32767.
- EiB = exbibyte = 2 ^ 60 bytes. 1 exbibyte = 1024 petabytes. 1 petabyte = 1024 terabytes.
- O NTFS possui o mesmo conjunto de caracteres não permitidos como FAT 32 (
" * / : < > ? \ |
) - Os limites máximos dependem do tamanho do bloco.
Para mais informações, um bom bloco inicial é a Comparação de sistemas de arquivos da Wikipédia, mas é bastante vaga em alguns detalhes.