Duplicidade pode atender às suas necessidades.
É incremental: Depois que um backup completo é executado, todos os backups futuros são simplesmente arquivos de diferença. É importante notar que é o oposto de outras soluções de backup que armazenam um espelho do estado mais recente e arquivos de diferenças para recriar os pontos de backup anteriores.
É compactado: Duplicidade é um backup criptografado (talvez bom para você, já que você está preso ao FTP?) - e o arquivo criptografado é compactado (como eu o entendo). Você também pode ignorar a criptografia e simplesmente obter um backup com gzip. (--no-encriptação)
Funciona via FTP: A duplicidade pode usar muitos protocolos remotos (incluindo FTP), o problema no caso é que a duplicidade precisaria ser executada a partir do seu servidor. Eu não acredito que você pode usar a duplicidade para fazer backup de uma fonte remota para um destino local (apenas a fonte local para o destino remoto).
No seu caso, se você não está procurando o benefício de compressão na transferência dos dados, apenas armazenando os dados, então você pode manter seu script FTP e depois que a 'imagem' atual for transferida, ter um backup duplicado dessa imagem temporária. ao seu backup existente, exclua a imagem. Dessa forma, você teria uma série de arquivos de backup que poderiam ser usados para restaurar seu site em qualquer ponto de backup, e esses arquivos seriam arquivos compactados apenas das alterações do último ponto de backup.
Apenas uma nota, de vez em quando, seria sensato fazer um backup 'completo', já que a duplicidade depende de cada backup incremental daqui para frente a partir de um backup completo.
Outra solução (assumindo novamente que temporariamente armazenar uma cópia do FTP localmente é aceitável), seria simplesmente usar rdiff-backup . Isto lhe daria um espelho do seu site (a partir do último backup), e backups passados seriam armazenados como as diferenças indo para trás. Não tenho certeza se eles estão compactados, mas mesmo que não estejam, você estaria armazenando apenas as alterações em arquivos para cada ponto de backup.