Eu encontrei a seguinte solução. Este popup foi mostrado pelo Windows Scheduler em um trabalho chamado WGASetup. Eu só precisava me livrar disso.
Seria fácil excluir esse trabalho, mas acho que o Windows Update, em sua utilidade, o recriaria. Eu precisava desativar esse trabalho. É fácil de fazer usando a janela de propriedades do trabalho, mas não é tão fácil usar um script.
Eu pesquisei um pouco e encontrei este programa: ftp://ftp.microsoft.com/ResKit/win2000/jt.zip
O arquivo em lote é assim:
jt.exe /lj %windir%\Tasks\WGASetup.job /sj Suspend=1