Apenas para expandir o que foi dito anteriormente, apesar de ser praticamente um novato, eu apenas consegui mudar o backend para o SQLite e ele fez as coisas funcionarem novamente. Okonadi tem uma configuração da GUI que pode ser usada para mudar o banco de dados backend. tipo.
O que fiz para mudar o topo do SQLite foi:
Primeiro instale o suporte ao SQLite com o comando
sudo apt-get install akonadi-backend-sqlite
depois de concluído, execute o comando
kcmshell4 akonadi
no terminal para exibir a GUI de configuração do Akonadi.
Quando a GUI está em execução, selecionei a guia Servidor do Akonadi e alterei a lista suspensa Driver de banco de dados do padrão MySQL para SQLite (todas as opções de configuração da página desapareceram quando fiz isso)
Em seguida, pressionei o botão "Aplicar" e o botão "Iniciar" e o servidor iniciaram sem mais problemas.