Você pode definir remotamente a chave de registro
[HKEY_LOCAL_MACHINE \ SOFTWARE \ RealVNC \ WinVNC4] "Senha" = hex: xx xx xx xx
para descobrir qual valor hexadecimal definir você pode configurá-lo em uma máquina de teste e copiar o valor resultante, ou você pode usar uma ferramenta que há muitos para gerar um para você
EDITAR
parece que existe um aplicativo para isso Eu ainda não testei isso, só o pesquisei no google , mas há uma carga de resultados com promessas semelhantes