Como o certbot não pode determinar os nomes de domínio ativos da sua configuração do Apache, você precisará contornar isso.
Já que com mod vhost alias
a presença de um subdiretório é o que "ativa" o domínio name Eu gostaria de sugerir um shell scripts simples que enumera todos os subdiretórios (= todos os domínios ativos) e, em seguida, executar certbot com o --webroot
opção para criar algo nos moldes de:
certbot certonly --webroot -w var/www/vhosts/www.example.com/httpdocs -d www.example.com -d example.com -w var/www/vhosts/www.example.net/httpdocs -d www.example.net -d other.example.net