Você está correto, o Net Send não funciona mais em 2008 e acima. Você pode usar o recurso MSG como você já descobriu. Aqui está um ótimo post em nosso próprio fórum que irá ajudá-lo:
Enviar ou responder à rede do servidor 2008
Este também é um excelente recurso para alguns exemplos e uso de sintaxe.
Você também pode querer ter certeza de que esta chave reg ...
HKLM\SYSTEM\CurrentControlSet\Control\Terminal Server\AllowRemoteRPC
... (veja a seção de solução aqui) é definido como 1 para todos os computadores para os quais você enviará mensagens; isso é principalmente para estações de trabalho vs. servidores, mas alguns servidores precisam dessa chave configurada como 1 também.