Parece que seus arquivos abertos são muito pequenos. Você deve adicionar algumas linhas nos seguintes arquivos de configuração (e alterar mongouser
para o nome de usuário que executa o MongoDB):
/etc/security/limits.conf
mongouser soft nofile 32768
mongouser hard nofile 65535
/etc/sysctl.conf
fs.file-max = 500000
/etc/pam.d/login
session required pam_limits.so
/home/mongouser/.bashrc
ulimit -n 63535
Após reiniciar o servidor, os novos limites estarão em vigor.