O impacto da execução de tarefas agendadas como Sistema é que o Sistema é uma conta altamente privilegiada. Ainda mais poderoso que um administrador. O que isto significa é que a sua tarefa agendada tem todos os privilégios necessários para destruir completamente o sistema se a sua tarefa agendada estiver mal configurada ou se algo mal intencionado for inserido no seu arquivo de lote, etc.
A execução de suas tarefas agendadas como um usuário sem privilégios garante que a quantidade de danos que ele pode causar ao sistema seja limitada.
É apenas uma das melhores práticas, medidas melhores do que remediar. Dito isto, as pessoas ainda executam tarefas agendadas como Sistema o tempo todo. Às vezes eu também faço isso.