Eu estava correndo para o mesmo problema. Aparentemente, mesmo que o NetworkManager tenha sido atualizado, a versão que ainda estava carregada na memória e em execução era mais antiga. Tente reiniciar o serviço:
sudo service NetworkManager restart
para verificar se funciona, teste o seguinte comando:
sudo nmcli -p g
Você deve ver o status do NetworkManager, em vez do erro "as versões não coincidem".