Você só terá 1 bootloader principal.
Depende do que é o terceiro SO e se esse sistema operacional permite que você pule a instalação do gerenciador de inicialização daquela instalação no que acontece com o sistema.
Quando tiver terminado, você pode usar uma sessão ao vivo do Ubuntu para instalar o boot-repair e usá-lo para -instalar (por exemplo) Grub se você tiver problemas.