Isso pode parecer um band-aid clugy, mas tente o seguinte por enquanto ...
service mysql stop
touch /var/log/mysql.log
chown mysql:mysql /var/log/mysql.log
service mysql start
Isso deve funcionar. Lembre-se de que o MySQL 5.6.8 não possui certificação GA.
Por favor, olhe de volta para a pasta base do banco de dados (execute SHOW VARIABLES LIKE 'datadir';
)
Vá até a pasta e veja se um log geral padrão apareceu.
Você também pode tentar alterá-lo para
general_log = 1
general_log_file = mysql.log
e veja se o mysql.log
aparece na sua pasta datadir depois de reiniciar o mysql