Depende de uma diretiva. Por exemplo, você pode usar várias diretivas Listen e o Apache escutará todas as portas definidas. Mas se você usar várias diretivas StartServers , somente a última será aplicada (acabei de verificar isso na minha configuração). Eu acho que o comportamento padrão é aplicar a última diretiva (e Listen é uma das exceções a essa regra), então o tempo limite será de 500.