O Nemo já tem a funcionalidade de abrir uma pasta em uma nova janela com permissões de root. Você só precisa clicar com o botão direito do mouse em um ícone de pasta e selecionar "abrir como root" no menu de contexto.
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Ao clicar nessa opção, você receberá o gksu-popup solicitando a senha da sua conta de administrador. Depois de digitar corretamente, uma segunda janela do Nemo é aberta no local selecionado.