O que eu vi ao tentar por mim mesmo é que reiniciar o daemon fail2ban não faz com que ele recarregue seu arquivo de configuração . (Ao contrário da maioria dos outros daemons no linux ... Eu nem sei como ele consegue salvar sua configuração quando parado. Arquivos temporários eu acho)
O comando a seguir resolverá seu problema:
fail2ban-client reload
Este executável pode ser usado para pesquisar status e outras interações com o daemon.