Esses arquivos são arquivos ocultos no linux, por convenção e arquivos sensíveis à segurança ( .htaccess e .htpasswd em particular) começam com . . Além disso, uma exploração popular, embora antiquada, envolvia colocar .. em caminhos, e o uso de /./ em caminhos poderia, em alguns casos, ser usado para impedir regras de acesso. Por essas razões, a maioria das configurações do apache tendem a negar o acesso a esses arquivos e caminhos.
Você deve ter uma regra em algum lugar que faça algo como:
<FilesMatch "^\.">
Order allow,deny
Deny from all
</FilesMatch>
Note que pode parecer muito pouco assim; é apenas um exemplo. Certifique-se de ter coberto todas as bases de segurança que mencionei anteriormente, e depois me livre dessa regra, ou escopo-lo adequadamente.
De longe, a coisa mais fácil, mais segura e mais padrão a ser feita seria emendar sua estrutura de diretórios e / ou aplicativo para não exigir nomes de caminhos com elementos que possuem um . .