Se este for um banco de dados de desenvolvimento pessoal, então /home/<user>/var/lib/ seria um dos lugares mais unix para colocá-lo (mas a coisa toda deve ser construída com /home/<user> como root, ou seja, o conf seria em /home/<user>/etc/ . Se você está construindo a partir da fonte /usr/local ou /opt/ pode ser mais apropriado. Muitas pessoas imitam a hiearchy do sistema de arquivos em seus diretórios home.
Se este for um servidor, geralmente o lugar padrão (a.k.a esperado) para colocá-lo faz sentido. Dessa forma, à medida que o tempo avança e novas pessoas usam o servidor, as coisas estão onde esperam que estejam.
O ideal é que as partições sejam dimensionadas para se adequarem ao que está acontecendo, e não o contrário.
Veja o FHS (Filesystem Hierarchy Standard) para saber o que acontece no Unix e por quê.