Estou assumindo que os problemas de desempenho existem mesmo com apenas dois usuários. Eu certamente poderia ver problemas de desempenho com mais de dois usuários, especialmente se os programas que estão sendo usados estão sobrecarregados.
A recomendação mínima de memória para o Windows Server 2008 é de 512 MB com uma recomendação de 2 GB. Eu certamente entendo que há implicações de custo com a AWS, mas você está empurrando as capacidades de uma caixa do Windows em geral rodando a 600MB.
De qualquer forma, o RDS transforma a maneira como o servidor lida com as sessões do usuário. Ele abstrai o perfil do usuário e as variáveis globais, de modo que, se um usuário inferior tentar excluir um aplicativo ou arquivo do sistema, ele limitará essa alteração a apenas esse uso. Essa funcionalidade pode estar introduzindo a sobrecarga adicional que está causando a saída do servidor. Mas, independentemente de como é difícil identificar isso, não basta olhar para monitores de desempenho e apenas fazer alguns testes de sessão simples.
Para responder a sua outra parte da pergunta, para obter mais de duas licenças RDS, você DEVE estar executando um RDS com um arquivo / servidor de licença válido na rede. Não há maneira legal de contornar isso.