Se você olhar o manual do rsync, você pode ler:
--partial
By default, rsync will delete any partially transferred file if the transfer is
interrupted. In some circumstances it is more desirable to keep partially
transferred files. Using the --partial option tells rsync to keep the partial file
which should make a subsequent transfer of the rest of the file much faster.
Isso significa que você não precisa se preocupar com a transferência parcial.
Você pode ter certeza da opção --partial-dir=DIR
. Em seguida, você pode remover todos os arquivos desse diretório se quiser eliminar arquivos parcialmente transferidos.