No site do projeto: etckeeper is a collection of tools to let /etc be stored in a git, mercurial, darcs, or bzr repository.
Então, quanto às soluções "suportadas", você não pode fazer isso. (Eu também não consigo entender por que você gostaria - IMHO git e Mercurial são muito superiores ao SVN).
Se você estiver realmente interessado, pode pesquisar o código-fonte etckeeper
e adicionar suporte, mas implantar o git parece ser uma solução menos dolorosa.