Importar o certificado para o armazenamento do Certificado Raiz Confiável da máquina resolverá seu problema. Não é necessário que a CA seja confiável para cada usuário. Se a máquina confiar na CA, os usuários "herdarão" automaticamente essa confiança.
O procedimento nesse artigo da base de dados está basicamente correto. Certifique-se de escolher o computador ao adicionar o snap-in Certificados e as "Autoridades de certificado raiz confiáveis" ao escolher o repositório para colocar o certificado.