Eu diria que você provavelmente pode. É mais provável que o GIT seja um bom ajuste para adaptação a uma configuração existente. Você pode simplesmente criar um novo repositório em uma pasta e adicionar seus recursos de configuração a ele. Para fazer o equivalente no SVN, você primeiro tem que adicionar seus ativos a um repositório, e então apagar a cópia local e puxá-la do repositório ... o que deixaria algumas pessoas (inclusive eu) nervosas.
O SVN adiciona diretórios ocultos diretamente ao seu sistema de arquivos, enquanto o GIT tem apenas o repositório único.
Dito isto - não sei o que é MDT. Talvez você deva explicar mais em sua pergunta. Mas, simplesmente, se ele opera em um sistema de arquivos normal, o GIT deve funcionar bem para você, especialmente se você for cuidadoso com os itens que deseja usar na versão. Além disso - muitos aplicativos que precisam de controle de versão possuem um modelo de plug-in para suportar diferentes provedores. Isso pode ser verdade para o MDT.