"em torno de 8000 bancos de dados, então eu teria que desligar o servidor por algumas horas".
Já existe outro servidor escravo que você pode tirar da produção e usar como mestre temporário?
É o problema com o mysqldump o acerto de performance ou o travamento (no último caso --single-transaction --master-data pode ser viável. BTW, nunca confie em --triggers ou --routines sendo default!)