O Pure-ftpd não suporta de forma nativa o bloqueio de tipos de arquivos específicos. No entanto, você pode fazer isso executando um script após o upload para excluir os tipos de arquivo indesejados.
Você usaria o programa pure-uploadscript para fazer isso.
Um exemplo pode ser encontrado aqui: link
(Você provavelmente desejará modificar o banner para exibir quais tipos de arquivo não são permitidos.)
Há uma limitação inerente a isso: um usuário pode fazer upload de um arquivo com uma extensão aceita e renomeá-lo. Provavelmente, você desejará verificar os arquivos (por exemplo, com clam-av) depois de serem enviados. Você também pode executar um cron periodicamente para excluir arquivos com determinadas extensões de arquivo (por exemplo, enviados por PHP, etc). Eu acredito que o pure-ftpd tem algumas opções (-G -K) que desabilitam a exclusão e / ou renomeação.