Quando o PHP é usado como um módulo, ele é mais ou menos compilado no próprio código do Apache. Ele é carregado para cada solicitação, o que significa que é carregado até mesmo para imagens, scripts, folhas de estilo e quaisquer outros arquivos que não sejam PHP. Isso torna a veiculação dessas páginas mais lenta. Por outro lado, ele torna o PHP mais rápido, já que o Apache não precisa gerar processos adicionais.
Quando o PHP é usado como um binário CGI, é mais seguro, mas é mais lento. O Apache pode gerar processos sob diferentes usuários, o que, por exemplo, pode aumentar a segurança de um ambiente de hospedagem compartilhada. Ele também aumenta a estabilidade porque os processos do PHP são separados do Apache e, no caso de um segfault ou outra falha grave, os processos do PHP não afetarão o Apache. Usar PHP como CGI significa que você não pode usar o arquivo .htaccess para configurar o PHP usando php_flag ou php_value .
A questão é, o que é mais importante para você. Velocidade ou segurança.
Se você pesquisar os benefícios de usar o PHP em CGI ou em módulos no Google, tenho certeza de que encontrará muitos artigos excelentes que podem abordar coisas que eu perdi.