Você não pode fazer isso com o arquivo de configuração NSD3 normal: o NSD não sabe (ou se importa) sobre o seu esquema de nomenclatura para arquivos de zona. Implementar tal coisa violaria o princípio de projeto do KISS.
Outra questão que torna isso difícil é que, diferentemente do BIND, o NSD não gera automaticamente as ACLs de transferência de zona mestre / escravo do arquivo de zona. Então você ainda teria que especificá-los de alguma forma.
Mas é claro que você pode gerar (parte de) sua configuração NSD com um script que faz isso para você. Uma simulação rápida:
# nsd.conf:
server:
# static configuration here
include: "/etc/nsd3/zones.conf"
#!/bin/sh
for i in /etc/nsd3/zones/*.zone
do
printf "zone:\nname: %s\nzonefile: %s\n" "$(basename $i zone)" "$i"
done > /etc/nsd3/zones.conf