Basicamente, se as suas partições, especialmente C, acabarem na mesma ordem, você estará bem, independentemente do tamanho. Então, se você tivesse um disco com 3 partições, utilitário, C e D, você poderia se livrar de D para um novo disco, já que a inicialização ainda seria do disco 0, partição 1. Se você de alguma forma excluísse a partição do utilitário, agora seja o disco 0, a partição 0, e ele não inicializaria e você estaria reparando.
Gostaria de salientar isto: ao clonar uma unidade de servidor, dependendo do software que você está usando, verifique se ele clona o bit da unidade para bit ou pode não inicializar.
Uma vez eu clonei uma unidade em um controlador de domínio usando um disco de inicialização do DOS do Ghost e, quando ela surgiu, recebi um erro que me impediu de fazer login. Eu refiz o mesmo usando o comutador -IA para forçar um setor por setor de clonagem, e isso funcionou.