O ID exclusivo do computador não é usado para identificação do WSUS, outro ID exclusivo é gerado (eficiente, não?). Se esse ID tiver sido gerado por um cliente WSUS executado no modelo antes da clonagem, essa é a causa do problema; o valor não é limpo pelo sysprep que ocorre como parte de um modelo de VM implementado.
Verifique no registro se os valores de HKLM\SOFTWARE\Microsoft\Windows\CurrentVersion\WindowsUpdate\SusClientId
correspondem - se sim, limpe o valor em um e reinicie o serviço do Windows Update.