Net.exe é o programa usado para mapear unidades, mexer com usuários e realizar outras tarefas relacionadas à rede. Geralmente é executado em scripts de logon para mapear unidades. Verifique os scripts de login no servidor que são executados por meio da inicialização, da chave de registro de logon, do script de logon do usuário no AD e das políticas de grupo local e de domínio. Você provavelmente encontrará algo que está rodando no logon.
Se isso não rende nada, use autoruns para ver o que mais está sendo executado no logon que pode estar causando problemas. Provavelmente seria benéfico desativar tudo o que não fosse a Microsoft na guia de logon e apenas reativar os processos necessários 1by1 até encontrar o problema.