Isso porque os bancos de dados contêm mais do que apenas e-mails ativos, eles também podem conter e-mails excluídos sendo mantidos por política. Além disso, os bancos de dados não diminuem; quando atingem um tamanho, nunca diminuem, a menos que você faça um off-line encolher processo neles. Poderia muito bem ser o caso de seus usuários terem muito espaço neles uma vez.
Além disso, seus arquivos de log podem consumir bastante espaço. Você não menciona se estão no mesmo volume ou não.