Ambos os sistemas operacionais têm um requisito mínimo de 512MB, então qualquer um em uma micro instância está realmente empurrando-o.
Dito isto, se você tiver para executá-lo em uma micro instância e escolher entre os dois, eu escolheria 2008R2, simplesmente porque é mais recente e qualquer um provavelmente terá um desempenho horrível depois de adicionar AV.