A melhor maneira de usar ftps e chroot (vsftpd) ou web-dav com ssl (Apache2, nginx).
Gerar um certificado:
openssl req -x509 -nodes -days 365 -newkey rsa:1024 -keyout /etc/vsftpd/vsftpd.pem -out /etc/vsftpd/vsftpd.pem
Editar configuração:
ssl_enable=YES
rsa_cert_file=/etc/vsftpd/vsftpd.pem
chroot_local_user=YES