Verifique se o racoon service pode estar enlouquecendo em segundo plano e mate-o, opcionalmente, reinicie o serviço VPN.
(perguntei e respondi a essa pergunta como parte da documentação de um problema que acabei de corrigir e não consegui encontrar uma solução para o Google)
No meu caso, o racoon entrou no limbo, comendo CPU, depois de tentar se conectar à VPN usando um cliente Windows XP (possivelmente com configurações incorretas).