Suponho que você esteja ouvindo em interfaces diferentes ... você pode criar um segundo diretório de configuração de ligação (ou pelo menos um named2.conf ou algo assim) e uma cópia de /etc/init.d/bind9 e usar o -c sinalizar para /usr/sbin/named no "outro" bind9 initscript para que a segunda cópia de bind carregue a segunda configuração. Você precisará atualizar as outras coisas no script como PIDFILE, e certificar-se de que cada uma use um diretório de trabalho diferente na configuração de ligação.