A opção 2 vai deixar você com muito trabalho em termos de contas de serviço, perfis de usuários, permissões de compartilhamento de arquivos, modificações de GPO, etc.
Pessoalmente, sou a opção número 1 com alguns avisos \ advertências:
Certifique-se de que os controladores de domínio sejam do GC, verifique se o DNS está integrado ao AD, certifique-se de que a replicação está no dinheiro, pare de fazer alterações (crie ou modifique objetos), espere até que a replicação fique quieta, desconecte as redes no DC órfão, limpe os metadados para remover qualquer vestígio do outro DC (em ambos os domínios), e certifique-se de que as duas redes \ domínios nunca, nunca estão conectadas novamente.
Tenho certeza que os outros aqui terão outras opiniões e conselhos para você, então não se apresse em tomar uma decisão.
***** EDIT *****
Estou pensando que, em teoria, a opção 1 deve apresentar o mesmo cenário e as mesmas tarefas como se um controlador de domínio no domínio fosse removido "desagradável" do domínio. Contanto que as duas redes \ domínios nunca sejam conectadas novamente, não vejo problemas com essa opção.