Supondo que você não tenha tirado nenhum instantâneo, as alterações estão no arquivo VHD que você está vendo. As informações do arquivo serão atualizadas quando o arquivo for fechado, ou seja, quando você desligar a VM.
Eu tenho uma VM com um arquivo .vhd. No entanto, quando me conecto à VM (por RDP) e faço algumas alterações (crie um diretório e adicione um pequeno arquivo com o bloco de notas), o arquivo .VHD permanece inalterado. A 'Data de modificação' do .VHD permanece no horário de início da VM.
Hipervisor: servidor Microsoft Hyper-V 2008R2 (versão de download gratuito)
Supondo que você não tenha tirado nenhum instantâneo, as alterações estão no arquivo VHD que você está vendo. As informações do arquivo serão atualizadas quando o arquivo for fechado, ou seja, quando você desligar a VM.