A linha de comando pode executar o 5.2.8, mas pode não ter nada a ver com o cgi ou módulo que o apache executa. O que um webrequest com <?php echo phpversion();?>
informa sobre a versão? Possivelmente use um phpinfo()
completo para verificar o que é fornecido & Onde. Especialmente se você compilou uma versão do php manualmente, as alterações são altas e você fez isso apenas para o pacote CLI.