Você realmente só precisa do iTunes para ativar o iPhone, mas acredito que a preocupação é o que impedirá que os usuários conectem o iPhone ao iTunes em casa e o carreguem com música. Se você bloquear o iTunes (ou mais, o acesso ao iTunes) no escritório, provavelmente haveria pouco risco de um usuário salvar músicas em suas estações de trabalho ou servidores de arquivos (há muitas ferramentas para filtrar arquivos de mídia em servidores de arquivos). É claro que há outras questões que podem surgir de alguém que esteja instalando música hardcore de rap (ou Brian Adams) em seu iPhone (na verdade, um ativo corporativo), e possível ofender outros funcionários.
Eu realmente não tenho certeza sobre as opções que você tem, já que não tenho conhecimento de políticas de segurança (não acredito que o iPhone tenha essa capacidade) que você possa aplicar a um iPhone (como um Blackberry / BES soluções). Talvez a Apple ou um fornecedor terceirizado coloquem alguma coisa juntos, mas não tenho certeza se essa é realmente uma direção que a Apple quer usar com o iPhone.
Eu buscaria uma política de uso bem escrita com sua segurança de TI / corporativo. Não é perfeito, mas pelo menos você pode fazer com que um funcionário concorde (por escrito) em não carregar o telefone com músicas ou aplicativos sem suporte, sob pena de rescisão.
Apenas meus 2 centavos.