Não há motivo para que você não possa editá-lo diretamente. Você só tem que lembrar que, se você executar o authconfig, suas alterações provavelmente serão levadas embora. Nós certamente editamos o arquivo diretamente em todos os nossos sistemas, porque o authconfig não é flexível o suficiente para nossos gostos (e não se encaixa bem com as ferramentas de gerenciamento de configuração que usamos).
Portanto, é seguro desde que você entenda as restrições que envolvem sua edição.