Funciona bem. Basta especificar conf, port, sock, etc. separados. Pessoalmente, eu provavelmente manteria um /etc/my.server1.cnf e /etc/my.server2.cnf para configurações individuais do servidor. E para a inicialização, basta copiar /etc/init.d/mysqld (ou seja o que for chamado para Suse), e deve ser apenas uma questão de atualizar algumas variáveis para fazer o novo script iniciar o segundo servidor.