Você pode usar o comando hdparm para desligar o HD depois de algum tempo ide.
Exemplo: hdparm -S 244 / dev / sda ajusta o tempo ocioso antes do desligamento para 2 horas.
Eu estou usando isso para um servidor de arquivos que tem alguns discos que não são usados com muita freqüência, mas você precisa ter em mente que cada vez que você tentar acessar um HD "adormecido", levará alguns segundos para tê-lo volta "online".
Para monitorar o que um processo está fazendo, use strace.