Você pode consultar as tabelas master.dbo.sysprocesses e master.dbo.syslocks para ver o que está realmente sendo executado no sistema e quais bloqueios estão sendo executados. Isso junto com sp_who2 pode ajudá-lo a descobrir o que está bloqueando os registros ou quais blocos estão acontecendo.
Você está realizando algum tipo de manutenção regular do banco de dados no banco de dados SQL? Caso contrário, essa falta de manutenção pode levar a todos os tipos de problemas de desempenho.