Você não quer limitar o uso de CPU por percentual - afinal, se a CPU não tem mais nada a fazer, pode também dedicar 100% ao seu script.
Você deseja garantir que outros programas tenham prioridade sobre o script de backup. Para fazer isso, basta invocar o script usando nice
:
nice mybackupscript
Isso executará o script com prioridade baixa, dessa forma, ele só obterá a CPU se outros processos estiverem ociosos.