Você está perdendo um manipulador de script PHP.
As linhas de configuração no Apache2 que você está perdendo são parecidas com isto:
# Use for PHP 5.x:
LoadModule php5_module modules/libphp5.so
AddHandler php5-script php
# Add index.php to your DirectoryIndex line:
DirectoryIndex index.html index.php
Com algo como o Apache no Linux, ele normalmente é instalado quando você inclui os pacotes do PHP em sua distribuição.
Em que sistema operacional você está executando isso?