Phill, suponho que você esteja errado sobre o fato de o MS não recomendar a execução do SSIS em ambiente em cluster. Na verdade, eles não recomendam que ele seja configurado como um recurso de cluster, mas não há problema em executar várias instâncias separadas do SSIS em vários nós do cluster
link
The Integration Services service is
not a clustered or cluster-aware
service, and does not support failover
from one cluster node to another.
Therefore, in a clustered environment,
Integration Services should be
installed and started as a stand-alone
service on each node in the cluster.
...
However, if high availability is your
goal in establishing a clustered
hardware environment, you can achieve
this goal without configuring the
Integration Services service as a
cluster resource. To manage your
packages on any node in the cluster
from any other node in the cluster,
modify the configuration file for the
Integration Services service on each
node in the cluster. You modify each
of these configuration files to point
to all available instances of SQL
Server on which packages are stored.
This solution provides the high
availability that most customers need,
without the potential problems
encountered when the Integration
Services service is configured as a
cluster resource.
Portanto, para sua pergunta, a resposta é Sim, é claro que você pode fazer isso, mas também tem uma opção melhor para instalar serviços independentes no nó do cluster e não precisará de uma caixa adicional (e despesas administrativas adicionais) para backups, monitoramento, atualização, se você já estabeleceu todos esses procedimentos no seu cluster)