Esse é um bom número de tabelas, mas a coisa a ser lembrada aqui é que todas delas serão abertas de uma vez - na maioria das vezes você configurará o parâmetro MySQL para arquivos abertos para cerca de 300-500, e o próprio MySQL manterá os mais ativos em seu sistema no pool de tabela de memória (cache, se você preferir) muito parecido com o modo como o kernel mantém páginas de memória para aplicativos em volta.
Pessoalmente, acredito firmemente no arquivo por tabela como uma ferramenta de gerenciamento de sistemas; Embora tenha suas compensações à medida que você aumenta corretamente, a capacidade de manter as tabelas de cada cliente distintas (você pode até distribuí-las para diferentes discos - RAID, SAN, DAS, etc. - pelo banco de dados do cliente!), manualmente, se necessário, otimizá-los, se necessário, e assim por diante, vai muito mais longe no final do dia. O preço principal que você paga é mais chamadas fsync () durante as gravações, o que pode degradar o desempenho se você tiver muitas tabelas sendo escritas também, mas em geral não é tão ruim.