Depende do ambiente, e isso pressupõe que você execute Linux e Apache, provavelmente alguma solução LAMP, se é comum do que eu ouço falar.
Sua explicação faz parecer que você sabe o que está fazendo, mas você já considerou um chroot / jail / o que você quiser chamar no seu jargão de OS escolha? É claro que alimentar corretamente tudo no ambiente chroot é um animal diferente, e é aí que a borracha encontra a estrada para você. Como você está falando sobre ambiente de produção, pode ser um problema de desempenho e estabilidade (eu vejo muitos documentos insistindo que serviços de produção de baixo nível como o BIND DNS são executados no chroot, então duvido que seja tão ruim assim, quero dizer no sentido de executar outra instância Apache chroot-ed ao lado de seu outro). Você pode querer começar aqui para uma explicação sobre o chroot para o Apache. Eu suponho que se você pode fazer isso e MySQL, você está definido.
No entanto, tudo isso parece um exagero. Você disse htaccess, então definitivamente soa como Apache para mim. Você tem balanceadores de carga. Na minha opinião, parece muito mais fácil "ter seu bolo e comê-lo também". Quero dizer, apenas reescreva os urls com seus arquivos conf do Apache (o que requer apenas um pouco de habilidade e testes) ou faça o balanceador de carga fazer isso (eu não tenho um, mas alguns os colegas de trabalho têm um F5 e dizem que pode fazer isso em um nível baixo, o que é divertido). De qualquer forma, faça a sua escolha, o primeiro parágrafo aborda diretamente a sua pergunta. Caça feliz.